小村壽太郎將會談的結果傳回國內，日本政府的桂太郎內閣看了之后，都十分滿意，因為雙方己就合作的意向達成了一定的基礎，如果雙方能夠真的談成合作，將會令日本在與俄國的對抗中底氣大增。
而海外華人提出的條件，在日本政府看來也不是不能接受，而且海外華人提出這些要求，正說明海外華人確實有與日本合作的意響，如果海外華人什么條件都不提，反到是有問題了。另外現在日本的首要目標是確保自己在朝鮮半島的利益。至于中國的東北地區，現在日本政府的精英們十分明白，英美德法各國是不會允許日本獨占中國的東北地區的。因此如果擊敗了俄軍，日本也不打算搶占中國的東北地區，而是確保自己在東北的駐軍和商業利益就夠了，這樣一來不僅海外華人沒有話說，還可以保證日本在中國東北地區的存在和影響力，然后再等待合適的時機。
現在的日本還沒有到舊時空里那么全國瘋狂，下克上亂走的地步，雖然也有孤注一擲的賭國運行為，但也是建立在精心的策劃、安排的基礎上，并不是胡亂下注，這一方面是日本現在的實力還并不強，僅僅只是在7年前打敗了紙老虎的清廷，這一勝績固然可以提振日本全國的士氣民心，但精英層卻是知道，這一場勝利的說服力并不強，日本在世界上的地位只能免強擠身于二流強國的地位，和英法德俄相比，還有相當大的距離；而另一方面，明治維新時涌現出來的一批精英大部份都還在世，而這批人大多都有世界視野，并經歷了日本甴弱轉強的過程，又經歷了30年的軍政歷練，論戰略眼光，要遠遠超過他們的后輩。懂得有舍才能有所得，見好就收的道理。
雖然在有些時候，一部份日本軍人的嗓門很大，叫得很兇，恨不得打遍全世界，但那不過是政治叫價的手段，為了爭奪首相的寶座，這個時候日本軍人還是很有些自知之明的，甲午戰爭之后，俄法德三國干涉還遼，日本很快就服了軟，而軍方也都老實不說話，沒有人敢叫和俄法德三國開戰。
而海外華人提議雙方釆用密約的形式，日本政府協商之后，也認為可行，一來是日本和英國結盟，己經引起了俄國的警覺和強烈反彈，一下子就派了6艘戰列艦到遠東來，讓日本陡然覺得壓力山大，也見識到世界一流強國的強大實力，因此如軍日本再和海外華人公開結盟，還不知道俄國會有什么更加強烈瘋狂的舉動來，就是提前發動戰也不是不可能的，但這個時候日本還沒有完全做好準備，還是不要過份刺激俄國為好。、
二來即然是密約，就是不能公開，而且公開了也可以不承認，這樣也就給了日本很大的活動余地，雖然日本不打算在戰后吞并中國東北，但如果條件允許，從中割一塊肉下來填填胃口，到也不錯。而且地點日本國內都己經想好了，就是遼東半島，在日本看來，這本來就是日本的地方，因此打敗俄國之后，順手將自己的地方再拿回來，是完全合理的。反正打敗了俄國，也就不需要海外華人了。
于是日本政府立刻下令小村壽太郎，立刻和海外華人進行正式會談，并且以私人名議和海外華人簽訂協議。
接到了國內的命令之后，小村壽太郎立刻和李三杰展開了正式談判，雙方經過了幾天的協商之后，終于達成了四項協議：
一、日本與華東政府互相尊重各自的權益，華東政府承認日本在朝廷半島的特殊利益，而日本承認東北地區的主權屬于中國，并保證決不侵占這些地區；
二、雙方在針對俄國方面的情報互享，在國際上互相支持，互相配合，并建立在重大行動之前，互相通報機制；
三、雙方中任何一方在受到俄國攻擊時，另一方將出兵參戰，而任何一方主動攻擊俄國時，需向另一方發出邀請時，另一方才可參戰；
四、本協約為秘密協約，雙方均不得對外泄漏，并可對外否認本協約。附：由于日本與英國有同盟協議，因此本條不適用于英國。
日本政府收到協議的條款之后，都覺得十分滿意，前兩條是雙方的互相交易，重點是第三條，因為海外華人和俄國沒有直接接觸，因此俄國主動發動攻擊時，只能先進攻日本，有這一條日本心里就有底了；而如果日本主動攻擊俄國，則可以視戰場的情況而定，是否需要請海外華人出兵。
當然日本也不是別有想到，海外華人也可能有相似的想法，不過協議的執行，還是要看俱體的情況而定，但這對雙方都是平等的，關建還是看政府的外交周旋能力。
于是小村壽太郎在國內的指示下，和李三杰以私人的名議，簽議了一份被后代稱為【李小密約】的協議。
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小村壽太郎帶著簽好密約，趕回日本去匯報，而就在這時，又有人到訪青島，這次來的人是清廷新任的直隸總督袁世凱。
原來俄國違反了【交收東三省條約】，并且向清廷提出了苛刻的附加條件，同時又派駐清公使格爾思向清廷發出外交照會，希望清廷能夠答應俄國的條件，并且還發出威脅，如果清廷拒絕接受俄國的條件，俄國將拒不再執行【交收東三省條約】，同時還將再出兵攻占己撤軍的地區，并再度進軍南進；而如果清廷接受俄國的條件，俄國不僅會如約繼續撤軍，而且還愿意幫助清廷，如提供貸款，修建鐵路，對抗英日等國等。并且還私下里會見了一些清廷的官員，向他賄賂錢財，要求他們為俄國發聲。